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Las colecciones del museo están compuestas por especímenes cerámicos, textiles, líticos, orgánicos, metálicos y restos humanos correspondientes a épocas prehispánica, colonial y republicana; documentación escrita, gráfica y digital, así como libros de valor científico y cultural.

Custodia cerca de 17,000 especímenes entre fardos funerarios, momias, esqueletos, cráneos y partes de esqueletos de diversos periodos cronológicos, que abarcan desde el periodo lítico o de los recolectores (13000-7000 a. C.) hasta el periodo inca (1400-1532 d. C.). Cuenta también con una valiosa colección etnográfica de cabezas reducidas y restos humanos de los periodos colonial y republicano.
Alberga aproximadamente 70,000 piezas procedentes de excavaciones científicas, donaciones y decomisos. La primera colección se forma hacia 1906, compuesta por piezas provenientes de los trabajos realizados por el científico alemán Max Uhle. En 1924 el estado peruano adquirió la colección de Víctor Larco Herrera y en 1925 el doctor Julio C.
Alberga la colección lítica más importante de nuestro país, conformada actualmente por 22,100 piezas procedentes de 265 sitios arqueológicos peruanos. Entre sus piezas más emblemáticas se encuentran las más remotas evidencias humanas excavadas en la cueva de Pikimachay (14000 a.
Resguarda alrededor de 18,000 bienes culturales de naturaleza orgánica. El material es diverso y lo componen especímenes de: fibras vegetales, madera, caña, mate (Lagenaria sp.), concha, pluma, piel y huesos de animales, restos de alimentos, entre otros, almacenados en condiciones climáticas adecuadas para su preservación.

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