Cuenta con dos series diferenciadas: Archivo Histórico y Colecciones. La primera conserva documentos desde el siglo XVI hasta 1903, provenientes en su mayoría de las antiguas instituciones del Estado colonial y republicano; la segunda, archivos personales y de la carrera pública de los más importantes investigadores y personalidades del país.
Dentro de los archivos de carrera pública, uno de los más significativos es el de Abraham Guillén, que cuenta con más de diez mil fotografías. También conservamos una parte importante del Archivo Tello, que incluye protocolos de desenfardelamiento, cuadernos de campo, inventarios de especímenes, acuarelas, fotografías, calcos, entre otros. Además, se custodia la colección del general Manuel Velarde Seoane, que contiene cartas y otros documentos relativos a la Guerra del Pacífico, excepcionales para el estudio de esta parte de la historia del Perú.