Resguarda alrededor de 18,000 bienes culturales de naturaleza orgánica. El material es diverso y lo componen especímenes de: fibras vegetales, madera, caña, mate (Lagenaria sp.), concha, pluma, piel y huesos de animales, restos de alimentos, entre otros, almacenados en condiciones climáticas adecuadas para su preservación.
Contiene piezas como herramientas agrícolas; timones y remos de embarcaciones prehispánicas; queros preincaicos, incas, coloniales y republicanos; instrumentos musicales como flautas, quenas, antaras, trompetas, tambores, ocarinas o silbatos; ídolos de madera de hasta 2.3 metros de altura, incluyendo las varas que portaba el señor de Huaca de la Cruz (valle de Virú, departamento de La Libertad).
Todo esto la convierte en una de las colecciones más importantes del país en su género.