El Museo alberga bienes culturales arqueológicos, históricos y artísticos de gran valor científico. Sus destacadas colecciones son una herramienta fundamental para el estudio del pasado. Para ello se brindan los siguientes servicios:

• Consultas de carácter específico sobre nuestras colecciones: Con una carta dirigida al Director del Museo, el público en general podrá realizar consultas específicas sobre un determinado bien y/o colección.

• Investigación de colecciones y fondos museográficos: Para solicitar la autorización se presentará un proyecto ante a la Dirección General de Museos del Ministerio de Cultura. Los requisitos y procedimiento se encuentran especificados en el Título XII del Reglamento de Intervenciones Arqueológicas, aprobado mediante Decreto Supremo N° 003-2014-MC.
• Exportación de muestras arqueológicas con fines científicos: De acuerdo al Reglamento de Intervenciones Arqueológicas, todas las solicitudes de exportación de muestras deberán ser remitidas a la Dirección de Calificación de Intervenciones Arqueológicas del Ministerio de Cultura. Los requisitos y procedimiento se encuentran especificados en el Título XIII del Reglamento de Intervenciones Arqueológicas.