El MNAAHP custodia piezas etnográficas pertenecientes a diversas colecciones de los siglos XIX y XX: Colección Raimondi, San Marcos, la Colección Plus Petrol y otros. Estas piezas presentan una diversidad de objetos de uso ritual y cotidiano que fueron trabajadas con materiales de su propio medio por las diversas etnias de nuestro país. 
Las colecciones Raimondi y San Marcos están conformadas por lanzas, remos, varas y cestos. Las lanzas están compuestas por caña, punta de madera tallada y plumas; los remos son de madera tallada; las varas son de madera con extremos tallados y aguzados, y se encuentran entorchados con hilos de varios colores. Los cestos están hechos de fibra vegetal en color natural y tienen forma globular.
Las piezas de la Colección Plus Petrol presentan una diversidad de objetos como: una canoa y diversos recipientes, adornos, lanzas, herramientas de caza y pesca; también instrumentos musicales como flautas, tambores y sonajeros. Los materiales con los que están fabricados son madera, mate, hueso, piel, valvas de moluscos, caña, semillas, fibra vegetal, resina y plumas. Esta colección incluye una maloca completa, que se encuentra expuesta en los jardines internos de nuestro museo.