El museo cuenta entre sus fondos con material documental relacionado a investigaciones arqueológicas que han producido cuantioso material contextual inédito. Por tal motivo, el Área de Investigaciones de este museo se ha trazado la meta de recuperar este valioso material a través de los siguientes proyectos:

Proyecto "Efectos del cambio climático en las civilizaciones precolombinas fase I"
Se trata de una monografía en la que se evalúan proxies paleoclimátológicos (indicadores que contienen sustancias químicas que han permanecido en los climas o entornos en archivos naturales) que cubren casi toda el área latinoamericana y que proceden de ciencias atmosféricas, marinas y geotermales en un margen entre el LGM y el Holoceno (incluyendo siglo XIX). Los proxies orgánicos son fechados por isotopos estables y han sido calibrados aplicando estadística bayesiana y eventualmente MCMC. Se ha avanzado con el registro de unos 30 proxies, pero se estima un total de 120 aproximadamente. Se programa la inclusión de los proxies faltantes en lo que sigue de la investigación y la modelación final. 
Responsable: Dr. Elmo León

Colección Ancón - Archivo Tello fase II
Las excavaciones realizadas entre los años 1946 y 1959 por personal del museo en el distrito de Ancón, Lima, produjeron una considerable cantidad de información relacionada con los contextos funerarios que se hallaron en dicho lugar. Este valioso material documental viene siendo trabajado con la finalidad de ponerlo a disposición de investigadores y público en general. Este trabajo permitirá también su recuperación y puesta en valor.
Responsable: Lic. Maritza Pérez Ponce

Colección Hans Horkheimer fase II
La presente colección está constituida por documentos que refieren a trabajos arqueológicos realizados en la zona de Chancay, Lima, por el peruanista Hans Horkheimer en la década de 1960. Este fondo cuenta con fichas de campo y fotografías, entre otros documentos, que hacen de este fondo una fuente de interés para muchos investigadores. La investigación tiene por objeto poner en valor el material cultural.
Responsable: Lic. Lyda Casas