El Museo Nacional, hoy Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia del Perú, es una institución creada en 1822 bajo el protectorado del General Don José de San Martín quien, de este modo, se propuso alentar una política de identidad nacional con el propósito de consolidar las bases de la naciente república creada por él.

Las primeras colecciones del museo estuvieron conformadas por especímenes minerales y vegetales propios de la geografía local y por los vestigios culturales de la época pre hispánica. A lo largo del siglo XIX sus espacios de exhibición estuvieron ubicados en diversas casas institucionales del Estado, como por ejemplo en el Ministerio de Relaciones Exteriores, luego, en la Biblioteca Nacional y la capilla de la Inquisición, para terminar estableciéndose en el piso alto del Palacio de la Exposición. Allí, el 29 de julio de 1906, dio inicio a sus actividades. Por entonces, sus fondos conformaban un conjunto de más de dos mil especímenes y contaba entre sus bienes, piezas de época virreinal y republicana.

En 1924, dentro del programa celebratorio del centenario de la independencia nacional se creó el Museo Bolivariano, en un local situado en la Magdalena Vieja, cuyas colecciones estuvieron compuestas por un cuerpo documental y diversos objetos donados por el señor Jorge Corbacho, quien se convirtió a su vez en su primer director. En 1930 fueron trasladadas las colecciones del Museo Nacional al Museo Bolivariano, creándose así una nueva institución que cambió de nombre en repetidas ocasiones: Museo de la Independencia (1932), Museo de la República (1935) y Museo Nacional de Historia (1963).

Hasta 1924 el Estado adquirió las colecciones y el inmueble del Museo Particular de Víctor Larco Herrera, conformando el Museo de Arqueología Peruana, al cual pasó, al año siguiente, una parte de la colección arqueológica del antiguo Museo Nacional. El incremento de las colecciones prehispánicas permitió al Gobierno disponer, en enero de 1945, la fundación del Museo Nacional de Antropología y Arqueología, bajo la dirección de Julio C. Tello, en un local compartido con el Museo Bolivariano en el pueblo de la Magdalena Vieja. Ambos museos compartieron independientemente un mismo edificio hasta que fueron fusionados en un solo museo en 1992, llamándose desde entonces Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia del Perú.