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Colecciones
Las colecciones del museo están compuestas por especímenes cerámicos, textiles, líticos, orgánicos, metálicos y restos humanos correspondientes a épocas prehispánica, colonial y republicana; documentación escrita, gráfica y digital, así como libros de valor científico y cultural.
Una de las colecciones más extensas de material republicano es la de monedas, medallas, y condecoraciones históricas. Además, la pinacoteca está compuesta por obras representativas, entre las que destacan la serie de los retratos de Gil de Castro, pintura académica del siglo XIX, obras de Ignacio Merino, Francisco Laso, Daniel Hernández entre otros.
El MNAAHP custodia piezas etnográficas pertenecientes a diversas colecciones de los siglos XIX y XX: Colección Raimondi, San Marcos, la Colección Plus Petrol y otros. Estas piezas presentan una diversidad de objetos de uso ritual y cotidiano que fueron trabajadas con materiales de su propio medio por las diversas etnias de nuestro país.