El Museo de sitio de Pachacamac, perteneciente al Ministerio de Cultura, fue fundado en 1965 durante el gobierno de Fernando Belaunde Terry siendo su primer director el Dr. Arturo Jimenez Borja.

El museo sirve de antesala para la visita al Santuario, explica su importancia y muestra los principales hallazgos arqueológicos procedentes del sitio. Destaca el ídolo de Pachacamac, la puerta de tela ornamentada con valvas de Spondylus ambos procedentes de las excavaciones realizadas en el Templo Pintado por Alberto Giesecke.

Otros elementos destacados del museo son la serie de ofrendas de cerámica escultórica que datan del periodo Wari (700 – 1100 d.C.) donde destacan representaciones de peces, personajes y plantas. Asi mismo la serie de quipus Inca procedentes de un recinto cerca al Palacio de Taurichumpi.

El museo está organizado de manera temática mostrando toda la secuencia cultural del Santuario de Pachacamac, desde los siglos II d.C. hasta el establecimiento de los Incas en 1470. En 1533 los españoles llegan a Pachacamac y se inicia el proceso de su abandono.