Es un proyecto que el Ministerio de Cultura ha llevado adelante con el propósito de reflejar en este nuevo edificio la magnitud e importancia del  patrimonio cultural que posee el santuario arqueológico, el más importante de la costa del Perú.

El nuevo museo, con una propuesta formal contemporánea, se inserta en el paisaje arqueológico sin lesionarlo, planteando visuales que relacionan el interior con el exterior. Se proponen ingresos de luz controlados e indirectos que permiten tener acentos de iluminación natural en el interior del museo, cuyas áreas destinadas a la exposición de la importante colección bordean los mil metros cuadrados.

El proyecto está compuesto por dos zonas diferenciadas volumétricamente: la primera por un edificio destinado a uso expositivo que consta de un solo nivel, adyacente a la zona de estacionamiento. Este se divide en dos áreas diferenciadas, una primera y de mayor tamaño destinada a la exposición permanente y uno de menor tamaño destinado a exposiciones temporales o usos diversos. La segunda zona está conformada por el edificio de servicios, tanto internos como externos dirigidos al público visitante. Este segundo edificio se ubica en un nivel inferior de acuerdo al terreno.

El edificio del nuevo Museo respeta de manera estricta el área ocupada por las edificaciones existentes, sin afectar de ningún modo zona intangible del Santuario. Se ha emplazado además en la zona de Ingreso, un pequeño volumen destinado a la boletería, zona de guías y servicios higiénicos.

La organización de los volúmenes y espacios generan entre ellos un colchón de área libre constituida tanto por áreas verdes como espacio público. Estas zonas son las siguientes:

• Zona de ingreso al Museo - Patio
• Las rampas y espacios de recorrido exterior que comunican los distintos ambientes.
• La plaza de reunión que se genera como bisagra entre el edificio expositivo y el de servicios, a donde se abren la tienda, la cafetería y el restaurante.

Asimismo, el guión museográfico se ha desarrollado teniendo como referente los cinco Valores Universales Excepcionales del Santuario Arqueológico de Pachacamac y a través de una serie de estaciones y de museografía moderna se muestra la riqueza de las colecciones que posee.